Janakkalan lukion molemmilla toimipisteillä on oma opiskelijakunta.

Opiskelijakuntien hallitukset ajavat opiskelijoiden asioita lukiossa, osallistuvat lukion päätöksentekoon ja edistävät kouluviihtyvyyttä esimerkiksi erilaisten tapahtumien ja tempausten muodossa.